Порода мальтийская болонка сопровождала человека на протяжении многих веков, меняя имена и страны. На первый взгляд не скажешь, но мальтийская собака имеет очень древние корни, уходящие в историю Древней Греции. Невероятно, но наиболее древняя запись (около 500 г. до н.э.) об этих животных была обнаружена на амфоре из этрусского города Вульчи (Греция). Собака изображена там вместе с подписью "Μελιταιε" (Melitaie).
На протяжении нескольких последних веков своей истории, этих собак как только не называли - "древняя собака Мальты", "мальтийский терьер", "собака с мальтийским рукавом", "римская женская собака", "женский утешитель", "Мелита". Еще одно название - "Бишон" - ошибочное.
Считается, что мальтийская болонка произошла от собаки типа шпиц, жившей среди племен в районе швейцарских озер, и была выборочно выведена людьми для достижения ее текущих размеров. Существуют археологические доказательства, что порода возникла в Азии и имеет отношение к тибетскому терьеру, впрочем, откуда именно взялись эти собаки, точно не знает никто. Вполне возможно, эти животные мигрировали через Ближний Восток и оказались в Европе, где их увидели древние греки, этрусски и римляне.
Есть мнения, что в древности этих собак также использовали для борьбы с мелкими дикими животными и грызунами. Собак этой породы упоминает множество древних авторов, в том числе Аристотель, Стефан Византийский, Плиний, Страбон и другие. Примерно в 17-18 веках некоторые энтузиасты решили сделать породу ещё меньше - с их точки зрения, это было определенным улучшением, вследствие чего мальтийская болонка приобрела размеры крупных белок.
К концу 18-го началу 19-го века они практически исчезли, но были восстановлены к середине 19-го, началу 20-го века. Мальтийская болонка была признана FCI под патронажем Италии в 1954 году на ежегодном собрании в Интерлакене, Швейцария. Нынешний стандарт FCI датирован 27 ноября 1989 года. Официально название "мальтийская болонка" и признание породы в Америке Кеннел Клубом состоялось в 1888 году.